جذب كلرتاليدون پس از مصرف خوراكي نسبتا سريع است. پيوند كلرتاليدون به پروتيين زياد است. اين دارو به صورت تغيير نيافته و تقريبا به طور كامل از طريق كليه ها دفع مي شود. نيمه عمر كلرتاليدون 50-35 ساعت مي باشد و اثر مدري آن پس از 2 ساعت شروع مي شود. زمان لازم براي رسيدن به اوج اثر دارو 2 ساعت و طول اثر آن 72-48 ساعت است. اثر كاهنده فشارخون اين دارو پس از 4-3 روز ممكن است ظاهر شود، ولي براي رسيدن به اثر مطلوب ممكن است تا 4-3 هفته زمان لازم باشد.