اباکاوير به وسيله آنزيم هاي داخل سلولي به متابوليت فعالش يعني تري فسفات کربووير ( CARBOVIR TRIPHOSPHATE ) تبديل مي شود. اين متابوليت مهار کننده فعاليت آنزيم ترانس کريپتاز معکوس ويروس اچ آي وي 1 (HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE) مي باشد. که مهار اين آنزيم باعث توقف رشد دي ان آي (DNA) ويروسي مي شود.